.env не потрапляє в Git (є в .gitignore) — секрети не витікаютьТримайте в репозиторії .env.example з усіма ключами але без значень — нові розробники знатимуть, що налаштувати. У CI/CD інжектуйте змінні через UI провайдера, не через файли.
Зберігання конфігурації у змінних середовища — один із принципів 12-Factor App — методології побудови масштабованих хмарних застосунків.